Vaccination mot japansk encefalit kan ge biverkningar som huvudvärk, muskelsmärta och ömhet på injektionsstället.
Övriga biverkningar som kan förekomma är trötthet, illamående och influensaliknande sjukdom. Dessa biverkningar är för det mesta milda och varar ofta bara några dagar efter vaccinationen.
Allvarliga reaktioner vid vaccination är ovanliga.